생물화학공학계열은 2004년에 설립되어 응용화학공학기술(공군 주문식 사관), 응용화학 공학기술, 고분자 재료공학기술, 약품 생산기술, 약품 생물기술, 식품영양 검측 및 식품가공 기술 등 7개의 전공 학과가 개설되어 있다. 현재 교수진은 49명이 재직중이며, 그 중에 고급교수 17명, 중급교수 26명, 박사학위 취득 교수 3명, 석사학위 취득 교수 22명이 재직중이다. 생물화학 공학계열은 32개의 유명 기업과 협력하여 교외 생산 실습기지를 설립 하였고 산학협력으로 위해위고그룹, 삼각그룹, 산동연희당 의약체인 유한공사를 위한 맞춤형 주문교육반을 설립하여 기업에서 필요한 첨단기능형 인재를 배출하고 있다. 또한 대만 대인과학기술대학등 4개 외국대학교와의 방문교류를 통하여 국제인재를 육성하고 있다. 현재 생물화학 공학계열은 수준이 높은 실험조건을 갖추고 있으며, 총 면적이 2000평방미터에 약200여명의 학생들을 동시 수용 가능한 실험기지를 보유하고 있다.